MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 plasmid pSYSA_M

Total Repeats: 449

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020287	GC	3	6	2	7	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020287	AAT	2	6	64	69	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020287	ATC	2	6	132	137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020287	TCA	2	6	174	179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020287	CCA	2	6	497	502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_020287	AT	3	6	599	604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020287	CTT	2	6	613	618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020287	TCC	2	6	666	671	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_020287	T	7	7	672	678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020287	CTGTTT	2	12	679	690	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020287	AAC	2	6	1319	1324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_020287	CTTGGT	2	12	2059	2070	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020287	TGCC	2	8	2109	2116	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_020287	CAA	2	6	2138	2143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020287	AAAAT	2	10	2145	2154	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020287	CAT	2	6	2223	2228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020287	TGG	2	6	2267	2272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020287	AAT	2	6	2298	2303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020287	AAT	2	6	2308	2313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020287	A	6	6	2337	2342	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020287	TAT	2	6	3000	3005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020287	AAT	2	6	3706	3711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020287	CCT	2	6	3725	3730	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_020287	CCA	2	6	3800	3805	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_020287	TTC	2	6	3858	3863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_020287	CAG	2	6	3883	3888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020287	TC	3	6	3890	3895	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_020287	AAC	2	6	3920	3925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_020287	ATC	2	6	4020	4025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020287	TGA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020287	AAT	2	6	4130	4135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020287	A	7	7	4183	4189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020287	AAT	2	6	4228	4233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020287	TTTGC	2	10	5262	5271	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020287	ATT	2	6	5278	5283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020287	CAAA	2	8	6294	6301	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_020287	TAT	2	6	6302	6307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020287	ATT	2	6	11501	11506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020287	GTT	2	6	12514	12519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020287	TGTT	2	8	12523	12530	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020287	TCA	2	6	12563	12568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020287	ATT	2	6	12569	12574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020287	CTA	2	6	12630	12635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_020287	CT	3	6	12644	12649	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_020287	T	9	9	12649	12657	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020287	GAC	2	6	15801	15806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_020287	TTC	2	6	16105	16110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_020287	G	7	7	16147	16153	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020287	TCC	2	6	16273	16278	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_020287	CTA	2	6	16318	16323	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_020287	TTG	2	6	16349	16354	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020287	CTA	2	6	16390	16395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020287	CTA	2	6	16464	16469	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_020287	CTA	2	6	16534	16539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020287	CTA	2	6	16608	16613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020287	GAA	2	6	16648	16653	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020287	AGAA	2	8	16658	16665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020287	CTA	2	6	16682	16687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_020287	AAC	2	6	16708	16713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020287	CTA	2	6	16758	16763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020287	TAA	2	6	16787	16792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020287	GTG	5	15	16806	16820	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020287	CTA	2	6	16830	16835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_020287	AT	3	6	16860	16865	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020287	CTA	2	6	16903	16908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_020287	CTA	2	6	16975	16980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020287	AGCA	2	8	17023	17030	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020287	CTA	2	6	17047	17052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020287	AGCA	2	8	17095	17102	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020287	CTA	2	6	17119	17124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_020287	TTC	2	6	17390	17395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020287	TTTAG	2	10	17621	17630	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020287	AT	3	6	17767	17772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020287	T	6	6	17806	17811	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020287	CAG	2	6	17822	17827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_020287	ATTAG	2	10	17839	17848	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020287	GGT	2	6	19869	19874	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020287	ATC	2	6	19885	19890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020287	T	7	7	22099	22105	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020287	TCA	2	6	22506	22511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020287	CAAGC	2	10	23254	23263	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_020287	CAAGC	2	10	23284	23293	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_020287	CAT	2	6	23430	23435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020287	AAT	2	6	23473	23478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020287	TGT	2	6	23521	23526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020287	ATT	2	6	23530	23535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020287	TTG	2	6	23573	23578	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020287	AGT	2	6	23646	23651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020287	CCA	2	6	23723	23728	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_020287	TTTGT	2	10	23896	23905	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020287	AAC	2	6	23915	23920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020287	AAAG	2	8	26266	26273	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020287	A	6	6	26354	26359	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020287	ATT	2	6	26362	26367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020287	A	7	7	26439	26445	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020287	AATG	2	8	27335	27342	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020287	AG	3	6	27355	27360	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020287	CTGCA	2	10	27483	27492	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_020287	GCC	2	6	27563	27568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_020287	CAT	2	6	27604	27609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020287	TTC	2	6	27613	27618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020287	G	6	6	27631	27636	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020287	CTG	2	6	27666	27671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020287	G	7	7	27686	27692	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020287	TC	4	8	27752	27759	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020287	A	6	6	27875	27880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020287	TCT	2	6	27889	27894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020287	AGG	2	6	27895	27900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020287	ATG	2	6	27904	27909	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020287	AAT	2	6	27910	27915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020287	CAA	2	6	29098	29103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_020287	AGA	2	6	29172	29177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020287	ACAAT	2	10	29200	29209	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_020287	CCA	2	6	29328	29333	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_020287	CGG	2	6	29346	29351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_020287	TTC	2	6	29380	29385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_020287	ACG	2	6	29407	29412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020287	TAA	2	6	29417	29422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020287	TAGA	2	8	29799	29806	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020287	ATTC	2	8	29828	29835	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020287	ATT	2	6	29873	29878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020287	GA	3	6	29880	29885	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020287	ATCT	2	8	30086	30093	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_020287	CTCC	2	8	30157	30164	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
125	NC_020287	ACA	2	6	30210	30215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020287	ATG	2	6	30226	30231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020287	G	7	7	30234	30240	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020287	CCG	2	6	33286	33291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_020287	ACC	2	6	33309	33314	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_020287	GGA	2	6	33323	33328	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020287	ATT	2	6	33353	33358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020287	T	7	7	33369	33375	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020287	GAAG	2	8	33426	33433	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020287	AGG	2	6	34187	34192	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020287	GATG	2	8	34813	34820	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020287	TTC	2	6	34822	34827	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_020287	TTCT	2	8	35131	35138	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020287	TCC	2	6	36319	36324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_020287	T	7	7	36503	36509	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020287	CGC	2	6	36682	36687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_020287	AGT	2	6	36705	36710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020287	GGA	2	6	37014	37019	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020287	GAA	2	6	37089	37094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020287	TCC	2	6	37146	37151	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_020287	CAA	2	6	37185	37190	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_020287	CCCAG	2	10	37216	37225	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_020287	CCTGC	2	10	37233	37242	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
148	NC_020287	GTA	2	6	37340	37345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020287	AGA	2	6	37434	37439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020287	CAG	2	6	37458	37463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_020287	AG	3	6	37462	37467	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020287	AGA	2	6	37505	37510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020287	GAA	2	6	37545	37550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020287	A	7	7	37565	37571	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020287	C	6	6	38194	38199	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
156	NC_020287	CCT	2	6	38978	38983	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_020287	CCG	2	6	38991	38996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_020287	AAC	2	6	39000	39005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_020287	AGG	2	6	39251	39256	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020287	AGAA	2	8	39263	39270	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020287	C	6	6	39365	39370	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
162	NC_020287	CTA	2	6	39392	39397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_020287	C	7	7	39414	39420	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
164	NC_020287	TCA	2	6	39438	39443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_020287	C	6	6	40114	40119	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
166	NC_020287	TAGGGA	2	12	40130	40141	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
167	NC_020287	CTCTG	2	10	40151	40160	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
168	NC_020287	AGCATT	2	12	40167	40178	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_020287	ATG	2	6	40207	40212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_020287	AG	3	6	40276	40281	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020287	TCA	2	6	40285	40290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_020287	GTA	2	6	40342	40347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020287	GGT	2	6	40361	40366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020287	AGC	2	6	40398	40403	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_020287	AG	4	8	40424	40431	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020287	GTG	2	6	40495	40500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020287	CAC	3	9	40569	40577	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
178	NC_020287	GA	3	6	40588	40593	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
179	NC_020287	AAG	2	6	40636	40641	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
180	NC_020287	TGG	2	6	41256	41261	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
181	NC_020287	GCTA	2	8	41332	41339	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_020287	GGAG	2	8	41961	41968	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020287	TCTCT	2	10	42023	42032	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
184	NC_020287	TAAG	2	8	42081	42088	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
185	NC_020287	AGC	2	6	42208	42213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_020287	CTG	2	6	42258	42263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
187	NC_020287	GTT	2	6	42325	42330	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_020287	ATTG	2	8	42648	42655	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020287	CTC	2	6	43239	43244	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
194	NC_020287	GTT	2	6	43258	43263	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_020287	CTT	2	6	43931	43936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_020287	TTG	2	6	43977	43982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
197	NC_020287	CCT	2	6	44028	44033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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274	NC_020287	TTGT	2	8	69302	69309	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_020287	ATA	2	6	70070	70075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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436	NC_020287	TTC	2	6	100079	100084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
437	NC_020287	CGC	2	6	100103	100108	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
438	NC_020287	CCG	2	6	100150	100155	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
439	NC_020287	CCG	2	6	100237	100242	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
440	NC_020287	CAT	2	6	100309	100314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
441	NC_020287	GGT	2	6	100346	100351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
442	NC_020287	GGA	2	6	100369	100374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
443	NC_020287	CTT	2	6	100384	100389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
444	NC_020287	ATC	2	6	100422	100427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
445	NC_020287	AAT	2	6	100484	100489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_020287	CCAAA	2	10	100501	100510	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
447	NC_020287	ATT	2	6	100616	100621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
448	NC_020287	CAC	2	6	100712	100717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
449	NC_020287	CGT	2	6	100718	100723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.